在万方查重中，遇到特殊格式文件时，可以尝试将文件转换为常见格式，如将PDF转换为Word文档，再进行查重。另外，也可以尝试使用专门的查重工具，支持更多格式的文件识别和查重。此外，还可以尝试手动整理文件内容，确保格式规范统一，提高查重效率。

针对万方查重中特殊格式文件的处理，还可以尝试使用在线转换工具将文件转换为常见格式，或者联系万方查重官方客服寻求帮助。另外，也可以尝试在本地安装相关插件或软件，提高特殊格式文件的兼容性，从而更好地进行查重比对。